活動日程安排:講座題目1：Discovery of mutated driver pathways in cancer

講座時間：2017-06-26 8:30-9:10

報告人：張世華教授/研究員

講座內(nèi)容簡介：

Large-scalecancer genomics projects are providing a large volume of data about genomic,epigenomic and gene expression aberrations in multiple cancer types. One of theremaining challenges is to identify driver mutations, driver genes and driverpathways promoting cancer proliferation and filter out the unfunctional andpassenger ones. In this talk, I will present a series of progresses about denovo mutated driver pathways or gene sets identification from mutation data incancer. Specifically, as to the so-called maximum weight submatrix problem, wefirst designed binary linear programming method and genetic algorithm to solveit (MDPFinder). We further proposed an exact mathematical programming method denovo identify co-occurring mutated driver pathways (CoMDP) in carcinogenesiswithout any prior information beyond mutation profiles. Lastly, we proposed tocomputational methods to identify cancer common or specific mutated driver genesets from mutation data of multiple cancers (ComMDP and SpeMDP). The efficiencyof these methods were validated by testing on simulated data. Tests on toseveral real biological datasets have been demonstrated to show theireffectiveness.

講座人簡介：

張世華，現(xiàn)任中國科學(xué)院數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院研究員、中國科學(xué)院隨機復(fù)雜結(jié)構(gòu)與數(shù)據(jù)科學(xué)重點實驗室副主任、中國科學(xué)院大學(xué)崗位教授。主要從事運籌學(xué)、模式識別與生物信息學(xué)交叉研究。曾經(jīng)到南加州大學(xué)、加州大學(xué)洛杉磯分校、新加坡國立大學(xué)、東京大學(xué)、哈佛大學(xué)等研究機構(gòu)訪問學(xué)習(xí)。目前擔(dān)任Scientific Reports，BMC Genomics，Current Bioinformatics和Frontiers in BCB等雜志的編委以及IEEE/ACM TCBB的客座編輯。曾經(jīng)榮獲中國青年科技獎、中國科學(xué)院盧嘉錫青年人才獎、鐘家慶運籌學(xué)獎、全國百篇優(yōu)秀博士論文獎、中國科學(xué)院院長獎特別獎等；獲得國家自然科學(xué)基金“優(yōu)秀青年”基金、中國科學(xué)院“卓越青年科學(xué)家”項目、入選“陳景潤未來之星”特殊人才計劃、中國科學(xué)院青年創(chuàng)新促進會。

講座題目2：MiRNA識別與miRNA-疾病關(guān)系預(yù)測中的計算方法

講座時間：2017-06-26 9:10-9:50

報告人：鄒權(quán)教授/研究員

講座內(nèi)容簡介：

2006年，RNA致使基因沉默現(xiàn)象獲得了諾貝爾獎，從而使得miRNA成為遺傳學(xué)和生物信息學(xué)研究中的“明星分子”。MiRNA像一個“指揮者”一樣，可以調(diào)控蛋白分子的表達量。挖掘miRNA分子、識別miRNA靶標(biāo)和預(yù)測miRNA與疾病的關(guān)系成為生物信息學(xué)中圍繞miRNA研究的三個主要計算課題。在本報告中，我們從機器學(xué)習(xí)的視角來解決miRNA挖掘分析。在我們的前期工作中發(fā)現(xiàn)，提高反例集的質(zhì)量對提高miRNA識別的泛化性和魯棒性起著至關(guān)重要的作用。在miRNA與疾病的關(guān)聯(lián)性預(yù)測方面，將介紹miRNA-miRNA相似性計算的幾種主要方法，這也是該問題的核心。一些結(jié)果可以證明，計算發(fā)現(xiàn)的miRNA可以成為某些腫瘤的重要標(biāo)志物。

講座人簡介：

鄒權(quán)，2009年于哈爾濱工業(yè)大學(xué)計算機學(xué)院獲得博士學(xué)位。隨后到廈門大學(xué)計算機系工作，任助理教授、副教授，2015年調(diào)入天津大學(xué)計算機學(xué)院，任研究員、博士生導(dǎo)師。主要研究方向為生物信息學(xué)。目前，以第一作者或通訊作者發(fā)表且被SCI檢索的論文40余篇。google scholar顯示引用超過2800次，其中代表作發(fā)表在Science、Briefings in Bioinformatics、Bioinformatics、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology andBioinformatics等知名學(xué)術(shù)期刊上。近幾年，擔(dān)任SCI期刊Current Bioinformatics的副主編。2014年獲CCDM數(shù)據(jù)挖掘競賽第一名；提出的集成分類算法不但是學(xué)術(shù)期刊Neurocomputing官網(wǎng)下載次數(shù)最多的熱點論文之一，而且得到產(chǎn)業(yè)化應(yīng)用，用于百度貼吧的反作弊系統(tǒng)，受到百度主題研究項目資助和百度公司官方報導(dǎo)。

講座題目3：蛋白質(zhì)亞線粒體定位預(yù)測：過去，現(xiàn)在和未來

講座時間：2017-06-26 9:50-10:30

報告人：杜樸風(fēng)教授

講座內(nèi)容簡介：

蛋白質(zhì)的亞細胞定位預(yù)測問題是一個經(jīng)典的生物信息學(xué)研究方向。經(jīng)過過去二十多年的研究，已經(jīng)較為成熟。蛋白質(zhì)的亞線粒體定位預(yù)測是一個較亞細胞定位預(yù)測深入的問題，經(jīng)過了過去十多年的研究之后，目前已經(jīng)有了若干有代表性的研究成果。在這個報告中，我們會系統(tǒng)的回顧蛋白質(zhì)亞細胞定位預(yù)測問題的起源，發(fā)展和理論基礎(chǔ)。我們還會將過去十多年中我們在蛋白質(zhì)亞線粒體定位預(yù)測中所做的一系列工作的基本思路和成果進行簡單介紹。

講座人簡介：

杜樸風(fēng)，2005年和2010年在清華大學(xué)自動化系分別獲學(xué)士及博士學(xué)位，博士在讀期間于2008至2010年兼任導(dǎo)師李衍達院士秘書。2013-2014年受”香江學(xué)者”計劃資助在香港城市大學(xué)做訪問博士后。2010年1月起在天津大學(xué)計算機學(xué)院任教。多年從事生物信息學(xué)軟件開發(fā)和計算預(yù)測算法研究，已發(fā)表學(xué)術(shù)論文30余篇，被引用700余次。獲2007年中國最具影響力的國際學(xué)術(shù)論文獎，2012年全國優(yōu)秀博士學(xué)位論文提名獎。已主持完成國家自然科學(xué)基金青年基金，天津市自然科學(xué)基金等科研基金項目。

講座題目4：基于多標(biāo)記學(xué)習(xí)的蛋白質(zhì)功能預(yù)測

講座時間：2017-06-26 10:40-11:20

報告人：余國先教授

講座內(nèi)容簡介：

蛋白質(zhì)功能預(yù)測是生物信息學(xué)中的重要問題之一，蛋白質(zhì)通常被標(biāo)注有多個功能標(biāo)簽，但現(xiàn)有的蛋白質(zhì)功能信息存在大量缺失和一定量的噪聲。本報告將首先介紹如何通過多標(biāo)記學(xué)習(xí)模型對蛋白質(zhì)功能預(yù)測的多方面難題進行建模，再介紹如何通過多標(biāo)記弱標(biāo)記學(xué)習(xí)，多標(biāo)記偏標(biāo)記學(xué)習(xí)和基因本體功能標(biāo)簽結(jié)構(gòu)關(guān)系預(yù)測蛋白質(zhì)缺失功能標(biāo)記，不相關(guān)功能標(biāo)記和噪聲標(biāo)記等。此外，還將介紹我們在基于多源異構(gòu)數(shù)據(jù)融合的蛋白質(zhì)功能預(yù)測方面的工作。

講座人簡介：

余國先，男，2013年6月在華南理工大學(xué)獲得計算機應(yīng)用技術(shù)博士學(xué)位，2011-2013受國家留學(xué)基金委資助赴美國George Mason University公派聯(lián)合培養(yǎng)，2014-2015香港浸會大學(xué)博士后。2013年7月至今在西南大學(xué)計算機與信息科學(xué)學(xué)院工作，碩士生導(dǎo)師。目前為人工智能學(xué)會生物信息學(xué)與人工生命專委會委員，中國計算機學(xué)會生物信息學(xué)組委員，大數(shù)據(jù)專家委員會和人工智能與模式識別專委會通訊委員。主要研究方向為機器學(xué)習(xí)和數(shù)據(jù)挖掘及其在生物數(shù)據(jù)分析中的應(yīng)用。在領(lǐng)域內(nèi)知名期刊和會議上發(fā)表學(xué)術(shù)論文30余篇(如KDD, IJCAI, Bioinformatics,Pattern Recognition和TCBB等)，并長期擔(dān)任多個知名期刊的審稿人。曾獲得ICMLC2011最佳論文獎，SDM2012博士生論壇最佳墻報獎，CCML2015優(yōu)秀學(xué)生論文獎（指導(dǎo)學(xué)生）。

講座題目5：基于網(wǎng)絡(luò)的疾病相關(guān)基因、ncRNAs和藥物預(yù)測

講座時間：2017-06-26 11:20-12:00

報告人：李敏教授

講座內(nèi)容簡介：

隨著遺傳學(xué)和分子生物學(xué)可用數(shù)據(jù)的不斷增加，越來越多的基因、非編碼RNA和藥物相關(guān)數(shù)據(jù)被用于人類疾病研究。基于這些新的技術(shù)和概念，網(wǎng)絡(luò)方法被提出應(yīng)用于人類疾病的研究中。在基于網(wǎng)絡(luò)的方法中，每個生物系統(tǒng)被認為是一個網(wǎng)絡(luò)模型，而分子、相互作用和網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)被闡述是如何決定生物系統(tǒng)的功能，以幫助我們理解細胞的組織、過程和功能。本報告將重點介紹我們在預(yù)測藥物-靶點、藥物-疾病、miRNA-疾病和lncRNA-疾病關(guān)聯(lián)關(guān)系的相關(guān)工作。

講座人簡介：

李敏，中南大學(xué)信息科學(xué)與工程學(xué)院教授、博士生導(dǎo)師。2016年NSFC優(yōu)秀青年基金獲得者。主要從事生物信息學(xué)與數(shù)據(jù)挖掘研究，在Bioinformatics、IEEE/ACM Transactions on Computational Biology andBioinformatics、Proteomics、Methods等上發(fā)表SCI期刊論文60余篇，ESI Top1%高引論文5篇。擔(dān)任國際期刊InterdisciplinarySciences: Computational Life Sciences、IJBRA的編委，IEEE/ACMTransactions on Computational Biology and Bioinformatics、Neurocomputing、Complexity、BMC Bioinformatics、BMC Genomics、Current Bioinformatics等的客座編委。2011年被確定為湖南省青年骨干教師培養(yǎng)對象，2012年獲得教育部新世紀(jì)優(yōu)秀人才資助，主持國家及省部級項目七項。曾獲茅以升科研專項獎及教育部自然科學(xué)獎(二等獎)各1項。